1989年，原专用集成电路与系统国家重点实验室经国家计委批准建设，1995年，实验室建成通过验收，并于2002年、2007年、2012年、2017年分别通过重点实验室评估。2022年，在原专用集成电路与系统国家重点实验室的基础上，经科技部批准，集成芯片与系统全国重点实验室依托复旦大学重组建设，成为20家重组“标杆”实验室之一。实验室实行学术委员会指导下的实验室主任负责制，由刘明院士任实验室主任，郝跃院士任学术委员会主任。实验室面向国家集成电路战略需求，做有组织科研，围绕“存算一体3D集成芯片”技术路线，聚焦集成芯片与系统应用中基础科学和关键技术，解决集成芯片中设计方法学的基础科学问题。